|
Hafta
|
Konular
|
Ön Hazırlık
|
|
1
|
Moleküler Modellemede Yararlı Kavramlar
|
K4-BÖLÜM 1
|
|
2
|
Kuantum Kimyasal Metodlar (Yarı-ampirik Metodlar)
|
K1-BÖLÜM 1
|
|
3
|
Kuantum Kimyasal Metodlar (Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) Yöntemleri)
|
K2-BÖLÜM 1
|
|
4
|
Kuantum Kimyasal Metodlar (Ab initio Yöntemleri)
|
K1-BÖLÜM 2
|
|
5
|
Klasik Mekanik Yöntemleri, Moleküler Mekanik
|
K1-BÖLÜM 3
|
|
6
|
Klasik Mekanik Yöntemleri, Moleküler Dinamik
|
K2-BÖLÜM 2
|
|
7
|
Klasik Mekanik Yöntemleri (Monte Carlo)
|
K2-BÖLÜM 2
|
|
8
|
Konformasyonel Analiz
|
K3-BÖLÜM 1
|
|
9
|
Protein Yapı Tayini
|
K4-BÖLÜM 1
|
|
10
|
Biyoinformatik?e Giriş
|
K1-BÖLÜM 3
|
|
11
|
Homoloji Modellemesi ve Threading
|
K2-BÖLÜM 3
|
|
12
|
Biyolojik Yapıların Sınıflandırılması (Veritabanları)
|
K1-BÖLÜM 4
|
|
13
|
Moleküler Modelleme Uygulamaları I
|
K3-BÖLÜM 2
|
|
14
|
Moleküler Modelleme Uygulamaları II
|
K3-BÖLÜM 4
|
|
Ön Koşul
|
-
|
|
Ders Dili
|
Türkçe
|
|
Dersin Sorumlusu
|
Doç. Dr. Saliha ALYAR
|
|
Dersi Verenler
|
1-)Profesör Dr. Saliha Alyar
|
|
Ders Yardımcıları
|
-
|
|
Kaynaklar
|
K1. Leach, A. R. (2001). Molecular Modelling Principles and Applications, 2. Ed., Prentice Hall.
K2. Schlick, T. (2002). Molecular Modeling and Simulation, Springer
K3. Ramachandran, K. I. Deepa, G., Namboori, K. (2008). Computational Chemistry and Molecular Modeling-Principles and Applications, Springer-Verlag.
K4. Warshel, A. (1991). Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc.
|
|
Yardımcı Kitap
|
-
|
|
Dersin Amacı
|
Dersin kapsamında günümüz araştırmacıları için ilgi çekici olan ilaç etken maddesi tasarımında izlenen yöntemlerin aktarılması, hesaplanmasının öğretilmesi ve bazı önemli biyolojik aktif bileşikler ve sentez yöntemleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmaktadır.
|
|
Dersin İçeriği
|
Moleküler modellemede yararlı kavramlar. Kuantum mekaniksel yöntemler. Moleküler mekanik yöntemleri. Moleküler dinamik metodları. Monte Carlo metodları. Konformasyonel analiz. Protein yapı tayini. Moleküler modelleme metodlarının uygulamaları.
|
|
Program Yeterlilik Çıktıları |
Katkı Düzeyi |
|
1
|
Kimya alanındaki güncel bilgileri içeren ders kitapları, uygulama araç-gereçleri ve diğer kaynaklarla desteklenen bilimsel yaklaşımı ön plana alacak şekilde ileri düzeydeki kuramsal ve uygulamalı bilgilere sahiptir.
|
4
|
|
2
|
Disiplinler arası konularda çalışabilme becerisi kazanılır
|
3
|
|
3
|
Kimya alanında edindiği ileri düzeydeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanır
|
5
|
|
4
|
Kimya uygulamaları için gerekli olan teknikleri ve modern cihazları kullanabilme becerisi elde edilir.
|
3
|
|
5
|
Kimya alanında edindiği ileri düzeydeki bilgi ve becerileri kullanarak verileri yorumlar ve değerlendirir, güncel teknolojik gelişmelere paralel sorunları tanımlar, analiz eder, araştırmalara ve kanıtlara dayalı çözüm önerileri geliştirir.
|
-
|
|
6
|
Kimya alanıyla ilgili olay ve olguları kavramsallaştırma becerisine sahip olur; bilimsel yöntem ve tekniklerle inceler.
|
3
|
|
7
|
Problemlerin incelenmesi için deney tasarlayıp gerçekleştirir, veri toplar, sonuçları analiz eder ve yorumlar.
|
-
|
|
8
|
Kimya alanı ile ilgili ileri düzeydeki bir çalışmayı bağımsız olarak yürütür.
|
-
|
|
9
|
Kimya alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunları çözmek için bireysel ve ekip üyesi olarak sorumluluk alır.
|
-
|
|
10
|
Kimya alanında edindiği ileri düzeydeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir.
|
-
|
|
11
|
Analitik düşünme yeteneği ile sonuç çıkarma sürecinde zamanı etkin kullanır.
|
-
|