|
Hafta
|
Konular
|
Ön Hazırlık
|
|
1
|
Moleküler Modellemede Yararlı Kavramlar
|
K4-BÖLÜM 1
|
|
2
|
Kuantum Kimyasal Metodlar (Yarı-ampirik Metodlar)
|
K1-BÖLÜM 1
|
|
3
|
Kuantum Kimyasal Metodlar (Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisi (DFT) Yöntemleri)
|
K2-BÖLÜM 1
|
|
4
|
Kuantum Kimyasal Metodlar (Ab initio Yöntemleri)
|
K1-BÖLÜM 2
|
|
5
|
Klasik Mekanik Yöntemleri, Moleküler Mekanik
|
K1-BÖLÜM 3
|
|
6
|
Klasik Mekanik Yöntemleri, Moleküler Dinamik
|
K2-BÖLÜM 2
|
|
7
|
Klasik Mekanik Yöntemleri (Monte Carlo)
|
K2-BÖLÜM 2
|
|
8
|
Konformasyonel Analiz
|
K3-BÖLÜM 1
|
|
9
|
Protein Yapı Tayini
|
K4-BÖLÜM 1
|
|
10
|
Biyoinformatik?e Giriş
|
K1-BÖLÜM 3
|
|
11
|
Homoloji Modellemesi ve Threading
|
K2-BÖLÜM 3
|
|
12
|
Biyolojik Yapıların Sınıflandırılması (Veritabanları)
|
K1-BÖLÜM 4
|
|
13
|
Moleküler Modelleme Uygulamaları I
|
K3-BÖLÜM 2
|
|
14
|
Moleküler Modelleme Uygulamaları II
|
K3-BÖLÜM 4
|
|
Ön Koşul
|
-
|
|
Ders Dili
|
Türkçe
|
|
Dersin Sorumlusu
|
Prof. Dr. Saliha ALYAR
|
|
Dersi Verenler
|
1-)Profesör Dr. Saliha Alyar
|
|
Ders Yardımcıları
|
-
|
|
Kaynaklar
|
K1. Leach, A. R. (2001). Molecular Modelling Principles and Applications, 2. Ed., Prentice Hall.
K2. Schlick, T. (2002). Molecular Modeling and Simulation, Springer
K3. Ramachandran, K. I. Deepa, G., Namboori, K. (2008). Computational Chemistry and Molecular Modeling-Principles and Applications, Springer-Verlag.
K4. Warshel, A. (1991). Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, Inc.
|
|
Yardımcı Kitap
|
-
|
|
Dersin Amacı
|
Dersin kapsamında günümüz araştırmacıları için ilgi çekici olan ilaç etken maddesi tasarımında izlenen yöntemlerin aktarılması, hesaplanmasının öğretilmesi ve bazı önemli biyolojik aktif bileşikler ve sentez yöntemleri hakkında bilgi verilmesi amaçlanmaktadır.
|
|
Dersin İçeriği
|
Moleküler modellemede yararlı kavramlar. Kuantum mekaniksel yöntemler. Moleküler mekanik yöntemleri. Moleküler dinamik metodları. Monte Carlo metodları. Konformasyonel analiz. Protein yapı tayini. Moleküler modelleme metodlarının uygulamaları.
|
|
Program Yeterlilik Çıktıları |
Katkı Düzeyi |
|
1
|
Fen bilimleri kapsamında gerekli kuramsal ve uygulamalı temel bilgilere sahiptir. Bilginin doğası, kaynağı, sınırları, doğruluğu, güvenirliliği ve geçerliliğini değerlendirme bilgisine sahiptir.
|
3
|
|
2
|
Alanı ile ilgili temel bilgilerini ve analitik düşünme yeteneğini kullanarak disiplinler arası çalışmalara katılır.
|
-
|
|
3
|
Kimya alanındaki kavramları, fikirleri ve verileri, bilimsel yöntemlerle değerlendirebilir, karmaşık problem ve konuları belirleyebilir ve analiz edebilir, tartışmalar yapabilir, kanıta ve araştırmalara dayalı öneriler geliştirir.
|
5
|
|
4
|
Alanı ile ilgili araştırmalar ve problemlerin çözülebilmesi amacıyla deney tasarlama, uygulamaya koyma, modern teknik cihazları kullanma, veri toplama ve sonuçları analiz etme becerisine sahiptir.
|
-
|
|
5
|
Kimya alanındaki uygulamalarda, karşılaşabileceği öngörülemeyen karmaşık durumlarda sorumluluk alarak çözüm üretir.
|
-
|
|
6
|
Alanı ile ilgili çalışmaları yürütürken sorumlu olduğu kişi ve kurumları periyodik olarak bilgilendirir, elde ettiği bulguları ve ortaya çıkan sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı, sözlü ve gerektiğinde görsel sunum şeklinde ifade eder.
|
4
|
|
7
|
Alanı ile ilgili kuramsal ve uygulamaya dayalı eksikliklerini belirleyerek gelecek öğrenme süreçlerine yön verir.
|
-
|
|
8
|
Alanı ile ilgili yabancı kaynaklardan ihtiyaç duyduğu bilimsel bilgilere ulaşabilecek, bilgilerini güncelleyebilecek ve meslektaşlarıyla dünya çapında iletişim kurabilecek düzeyde yabancı dil bilgisine sahiptir.
|
-
|
|
9
|
Alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı, bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır ve bu yolla bilimsel kaynaklara erişir.
|
-
|
|
10
|
Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen verileri kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirerek yönetir.
|
-
|
|
11
|
Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözetir ve denetler.
|
-
|