|
Hafta
|
Konular
|
Ön Hazırlık
|
|
1
|
Kemoinformatik
|
K4: Bölüm 1
|
|
2
|
Kemoinformatik Veritabanları
|
K4: Bölüm 2
|
|
3
|
Biyoaktivite Veritabanı
|
K4: Bölüm 2
|
|
4
|
İlaç Keşfi Sürecinde Keminformatik
|
K5: Bölüm 6
|
|
5
|
Kimyasal Bileşiklerin Bilgisayarda Gösterimi
|
K3: Bölüm 47
|
|
6
|
Bileşiklerin Fizikokimyasal Özelliklerinin Tahmini
|
K1: Bölüm 3
|
|
7
|
Moleküler Benzerlik Analizi
|
K2: Bölüm 15
|
|
8
|
ADME Özelliklerinin Tahmini
|
K1: Bölüm 6
|
|
9
|
Docking
|
K4: Bölüm 1
|
|
10
|
Docking Programları Nasıl Çalışır?
|
K4: Bölüm 3
|
|
11
|
Protein-Ligand docking
|
K4: Bölüm 10
|
|
12
|
Moleküler Docking Simülasyonları
|
K4: Bölüm 13
|
|
13
|
Aktif Bölgelerin Tahmini, Analizi ve Karşılaştırması
|
K1: Bölüm 6
|
|
14
|
Doğal Ürün Araştırmalarında Kemoinformatik
|
K1: Bölüm 6
|
|
Ön Koşul
|
-
|
|
Ders Dili
|
Türkçe
|
|
Dersin Sorumlusu
|
Doç. Dr. Şevki ADEM
|
|
Dersi Verenler
|
1-)Profesör Dr. Şevki Adem
|
|
Ders Yardımcıları
|
-
|
|
Kaynaklar
|
K1. Engel, T., Gasteiger, J. (2018). Applied chemoinformatics: achievements and future opportunities: John Wiley & Sons.
K2. Bajorath, J., Morales, G., Siesel, B., & Bunin, B. (2007). Chemoinformatics: Theory, Practice, & Products. In: Springer.
K3. Leszczynski, J. (2012). Handbook of computational chemistry: Springer Science & Business Media. Cham, Switzerland
4. de Azevedo Jr, W. F. (2019). Docking Screens for Drug Discovery: Springer. New York, U.S.A.
5. Gasteiger, J., & Engel, T. (2018). Applied Chemoinformatics: Achievements and Future Opportunities: Wiley-VCH Verlag GmBH.
|
|
Yardımcı Kitap
|
-
|
|
Dersin Amacı
|
Dersin amacı, öğrencileri farklı kemoinformatik yöntemlerle tanıştırmak, kemoinformatiğin modern ilaç araştırmalarında kullanımına örnekler sunmak ve öğrencilerin kemoinformatikte kullanılan temsili yöntemlerle egzersizler yoluyla pratik deneyim kazanmalarını sağlamaktır.
|
|
Dersin İçeriği
|
Biyokimyada ve yeni ilaçların tasarımında hesaplamalı yaklaşımların önemi Küçük moleküllerin farklı fiziksel özelliklerinin hesaplanması ve sunulması. Yapısal alanların, aktif alanların ve yüzey şekillerinin, elektrostatik potansiyellerin ve hidrofobikliğin analizi. Farklı proteinlerin ve ilişkili yapısal elemanların yapılarını analiz eder.
|
|
Program Yeterlilik Çıktıları |
Katkı Düzeyi |
|
1
|
Fen bilimleri kapsamında gerekli kuramsal ve uygulamalı temel bilgilere sahiptir. Bilginin doğası, kaynağı, sınırları, doğruluğu, güvenirliliği ve geçerliliğini değerlendirme bilgisine sahiptir.
|
2
|
|
2
|
Alanı ile ilgili temel bilgilerini ve analitik düşünme yeteneğini kullanarak disiplinler arası çalışmalara katılır.
|
-
|
|
3
|
Kimya alanındaki kavramları, fikirleri ve verileri, bilimsel yöntemlerle değerlendirebilir, karmaşık problem ve konuları belirleyebilir ve analiz edebilir, tartışmalar yapabilir, kanıta ve araştırmalara dayalı öneriler geliştirir.
|
3
|
|
4
|
Alanı ile ilgili araştırmalar ve problemlerin çözülebilmesi amacıyla deney tasarlama, uygulamaya koyma, modern teknik cihazları kullanma, veri toplama ve sonuçları analiz etme becerisine sahiptir.
|
4
|
|
5
|
Kimya alanındaki uygulamalarda, karşılaşabileceği öngörülemeyen karmaşık durumlarda sorumluluk alarak çözüm üretir.
|
-
|
|
6
|
Alanı ile ilgili çalışmaları yürütürken sorumlu olduğu kişi ve kurumları periyodik olarak bilgilendirir, elde ettiği bulguları ve ortaya çıkan sorunlara ilişkin çözüm önerilerini yazılı, sözlü ve gerektiğinde görsel sunum şeklinde ifade eder.
|
-
|
|
7
|
Alanı ile ilgili kuramsal ve uygulamaya dayalı eksikliklerini belirleyerek gelecek öğrenme süreçlerine yön verir.
|
3
|
|
8
|
Alanı ile ilgili yabancı kaynaklardan ihtiyaç duyduğu bilimsel bilgilere ulaşabilecek, bilgilerini güncelleyebilecek ve meslektaşlarıyla dünya çapında iletişim kurabilecek düzeyde yabancı dil bilgisine sahiptir.
|
-
|
|
9
|
Alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı, bilişim ve iletişim teknolojilerini kullanır ve bu yolla bilimsel kaynaklara erişir.
|
-
|
|
10
|
Alanı ile ilgili konularda strateji, politika ve uygulama planları geliştirir ve elde edilen verileri kalite süreçleri çerçevesinde değerlendirerek yönetir.
|
-
|
|
11
|
Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözetir ve denetler.
|
-
|