|
Hafta
|
Konular
|
Ön Hazırlık
|
|
1
|
Protein Saflaştırılmasının amacı ve ön planlama: Hedef proteinin kaynağı ve lokalizasyonu, miktarı, fizikokimyasal ve fiziksel özellikleri, saflaştırma amacı, protein saflaştırılmasının izlenmesi,
|
K1
|
|
2
|
Protein saflaştırma stratejisi , Ön Ayırma teknikleri; 1. Hücre parçalama/ Homojenizasyon: Mekanik olmayan Teknikler: ısı ile parçalama, Freze-Thaw, Desikasyon, Osmotik şok, Litik enzimler, Alkali, Deterjanlar vb.
|
K1
|
|
3
|
Ön Ayırma teknikleri;(Devam) Mekanik yöntemler: Blenderlar, homajenizatörler, öğütücüler, Aşındırıcılar ile agitasyon, Sıvı ve Katı Ekstrüsyon, Ultrasonikasyon
|
K1
|
|
4
|
2. Berraklaştırma; Santrifüj; Diferansiyal Santrifüj, Yoğunluk Gradient Santrifüj, Membran Filtrasyon teknikleri
|
K1
|
|
5
|
3. Ekstraktın deriştirilmesi: Ultrafiltrasyon, Liyofilizasyon, Çöktürme Yöntemleri( izoelektrik çöktürme, iyonik şiddeti değiştirerek çöktürme, organik çözgenler, Organik polimerler ve Denatürasyon ile çöktürme)
|
K1
|
|
6
|
Kromatografik Yöntemler; Kromatografiye giriş ve sıvı kromatografisinde temel kavramlar, İyon değişim kromatografisi,
|
K1
|
|
7
|
Kromatografik Yöntemler; Hidrofobik Etkileşim Kromatografisi, Jel Filtrasyon Kromatografisi,
|
K1
|
|
8
|
Kromatografik Yöntemler; Affinite kromatografisi: Biyospesifik, İmmunoafinite, Lektin afinite, Boya-ligant, Metal-Şelat, Kovalent afinite kromatografisi
|
K1
|
|
9
|
Kromatografik Yöntemler; Affinite kromatografisi: Biyospesifik, İmmunoafinite, Lektin afinite, Boya-ligant, Metal-Şelat, Kovalent afinite kromatografisi
|
K1
|
|
10
|
Elektroforetik Yöntemler; Elektroforezin prensipleri, protein elektroforezi; PAGE, SDS-PAGE, IEF, 2D-PAGE. Blotlama, Immunustain, Görüntüleme ve değerlendirme
|
K1
|
|
11
|
Karakterizasyon: Fonksiyonel Karakteristik; Proteinin biyolojik aktivitesine göre seçilecek teknikler,
|
K1
|
|
12
|
Karakterizasyon: Fonksiyonel Karakteristik; Proteinin biyolojik aktivitesine göre seçilecek teknikler,
|
K1
|
|
13
|
Saflık kontrolü, Molekül kütle tayini ve IP tayini Amino asit analizi, N-, C- terminal analiz, vb.
|
K1
|
|
14
|
Entegrasyon ve karşılaştırma, proteomik teknolojiler ve multidimensional teknikler
|
K1
|
|
Ön Koşul
|
YOK
|
|
Ders Dili
|
Türkçe
|
|
Dersin Sorumlusu
|
Dr. Öğr. Üyesi Deniz BAŞ
|
|
Dersi Verenler
|
-
|
|
Ders Yardımcıları
|
-
|
|
Kaynaklar
|
K1. Scopes, R.K. (1994) Protein Purification: Principles and Practice, (3rd Ed.) Springer- Verlag
K2. Harris, E.L.V., Angal, S. (1989) Protein Purification Methods: A Practical Approach, IRL Press OUP
K3. Roe, S. (2001) Protein Purification Methods; A Practical Approach, (2nd Ed.) Oxford University Press.
K4. Simpson, R.J, (2004) Purifying proteins for Proteomics: A Labarotory Manual. CSHL Press.
|
|
Yardımcı Kitap
|
-
|
|
Dersin Amacı
|
Protein saflaştırılması biyokimyasal araştırmalarda önemli bir yer tutmaktadır. Özellikle son yıllarda gen klonlama ve ekspresyonu ile ilgili gelişmeler ile de bu konu protein kimyacılarının yanı sıra diğer bilim dallarının da ilgi odağı olmuştur. Ancak bu konu genelde lisans eğitimi sırasında detaylı olarak anlatılan bir konu değildir. Bu derste bu alandaki yeni gelişmeler temel tekniklerin ışığı altında verilmesi amaçlanmaktadır.
|
|
Dersin İçeriği
|
Protein saflaştırma stratejisi ve amacı, kaynak seçimi, proteinlerin ekstraksiyonu ve subselüler fraksiyonlanması, çözünürleştirme ve berraklaştırma, ekstraktın deriştirilmesi kromatografik teknikler, elektroforetik yöntemler, RP-HPLC ile protein/peptid ayrılmaları, protein saflığının kontrolü, karakterizasyon
|
|
Program Yeterlilik Çıktıları |
Katkı Düzeyi |
|
1
|
Bilimsel araştırma yapmak için gerekli olan yayın, kitap ve yöntemleri seçer ve kullanır.
|
5
|
|
2
|
Alanla ilgili uluslararası literatürü izleyecek düzeyde bir yabancı dili etkili kullanır.
|
-
|
|
3
|
Deney tasarlama, deney yapma, deney sonuçlarını analiz etme ve yorumlama becerisine sahip olur.
|
5
|
|
4
|
Mühendislik problemlerini saptama, tanımlama ve çözme becerisine sahip olur.
|
-
|
|
5
|
Bağımsız olarak veya bir ekibin üyesi olarak araştırma yapabilir.
|
5
|
|
6
|
Gıda Mühendisliği alanında gerekli teknikleri ve cihazları kullanarak alanındaki bilgileri aktarabilir.
|
-
|
|
7
|
Gıda Mühendisliği alanında bilimsel yöntemleri kullanarak, disiplinler arası bilgileri edinir, bu bilgileri analiz ve sentez ederek, bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk bilinci ile kullanır.
|
-
|
|
8
|
Alanı ile ilgili temel güncel bilgileri öğrenir ve bu alanda gelişim sağlayacak yenilikler hakkında görüş ileri sürer.
|
5
|
|
9
|
Alanı ile ilgili problemleri tanımlar ve formüle eder, çözmek için yöntem geliştirir ve çözümlerde yenilikçi yöntemler uygular.
|
4
|
|
10
|
Mühendislik uygulamalarının sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuk boyutları ile proje yönetimi ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların mühendislik uygulamalarına getirdiği kısıtların farkındadır.
|
-
|
|
11
|
Verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında ve mesleki tüm etkinliklerde toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetir.
|
-
|