|
Hafta
|
Konular
|
Ön Hazırlık
|
|
1
|
Orman patojenlerinin tespit, tanı ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde moleküler yöntemler; gerekliliği, avantajları
|
Hubbes, M. (1993). Impact of molecular biology on forest pathology: a literature review. European journal of forest pathology, 23(4), 201-217.
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
2
|
Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve primerler
|
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
3
|
Polimeraz zincir reaksiyonu modifikasyonları (Multipleks-PCR, Nested-PCR, RT-PCR, Real-Time PCR)
|
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
4
|
Orman patojenlerinin tespit, tanı ve kuantifikasyonunda kullanılan PCR teknikleri
|
Ioos, R.; Fabre, B.; Saurat, C.; Fourrier, C.; Frey, P.; Marçais, B., 2010: Development, comparison, and validation of real-time and conventional PCR tools for the detection of the fungal pathogens causing brown spot and red band needle blights of pine. Phytopathology 100, 105-114
|
|
5
|
DNA izolasyonu; Fungal kültürlerden ve doğrudan çevresel örneklerden
|
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
6
|
Toprak, odun ya da ibre gibi örneklerde patojen (lerin) tespiti ve tanısı
|
Gonthier, P., Guglielmo, F., Sillo, F., Giordano, L., & Garbelotto, M. (2015). A molecular diagnostic assay for the detection and identification of wood decay fungi of conifers. Forest Pathology, 45(2), 89-101.
Tunali, Z., & Doğmuş-Lehtijärvi, H. T. Oskay, F., Tunali, Z., & Doğmuş-Lehtijärvi, H. T. (2018). Burdur ili kızılçam (Pinus brutia Ten.) ormanlarında ibre yanıklığı ve dökümüne neden olan fungal etmenlerin moleküler yöntemlerle tespiti. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 22(2), 628-636.
|
|
7
|
DNA dizi analizi teori ve uygulaması (Tür teşhisi; DNA veri tabanı taraması (BLAST kullanımı))
|
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
8
|
Ara Sınav
|
|
|
9
|
DNA dizi analizi ( Filogenetik tahmin )
|
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
10
|
PCR`a dayalı DNA polimorfizim analizleri I (RFLP; RAPD; AFLP; RAMs; SSR; ISSR; SNPs; SSCP, vd.)
|
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
11
|
PCR`a dayalı DNA polimorfizim analizleri II
|
Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
12
|
PCR`a dayalı DNA polimorfizim analizleri; orman patolojisi alanında kullanımları
|
Hantula, J., Dusabenyagasani, M., & Hamelin, R. C. (1996). Random amplified microsatellites (RAMS)?a novel method for characterizing genetic variation within fungi. European Journal of Forest Pathology, 26(3), 159-166.
|
|
13
|
Bitki hastalık etmenlerinin genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde moleküler yöntemler; kullanım amaçları ve orman hastalıkları araştırmalarında sağladığı avantajlar
|
Stewart, J. E., Kim, M. S., & Klopfenstein, N. B. (2018). Molecular genetic approaches toward understanding forest-associated fungi and their interactive roles within forest ecosystems. Current forestry reports, 4(2), 72-84.
|
|
14
|
Bitki hastalık etmenlerinin genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde moleküler yöntemler; kullanılan moleküler markörler, güncel araştırmalar
|
Genetic diversity of Dothistroma septosporum and diplodia sapinea in Turkey (Oskay et al 2020)
|
|
15
|
Orman patolojisinde moleküler yöntemlerin geleceği
|
Hamelin, R. C., & Roe, A. D. (2020). Genomic biosurveillance of forest invasive alien enemies: A story written in code. Evolutionary Applications, 13(1), 95-115.
Tedersoo, L., Drenkhan, R., Anslan, S., Morales‐Rodriguez, C., & Cleary, M. (2019). High‐throughput identification and diagnostics of pathogens and pests: overview and practical recommendations. Molecular ecology resources, 19(1), 47-76.
|
|
Ön Koşul
|
-
|
|
Ders Dili
|
Türkçe
|
|
Koordinatör
|
Dr. Öğr. Üyesi Funda OSKAY
|
|
Dersi Verenler
|
-
|
|
Ders Yardımcıları
|
-
|
|
Kaynaklar
|
1. Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
|
|
Yardımcı Kitap
|
Singh, U. S., & Singh, R. P. (2017). Molecular methods in plant pathology. CRC Press.
Kantartzi, S., 2013. Microsatellites: Methods and Protocols. Humana Press. 353pp.
Mount, D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome analysis. Cold Spring Harbour Laboratory Press. 565 pp.
McPherson, M.J., Møller, S.G., PCR. Second Edition. Taylor & Francis Group, 305pp.
|
|
Dersin Amacı
|
Bu dersin amacı, orman ağaçlarında hastalığa sebep olan patojenlerin tespiti, tanısı, kuantifikasyonu, genetik çeşitlilikleri, taksonomileri, evrimsel ilişkileri, coğrafik yayılış ve kökenlerinin araştırılmasında kullanılan güncel moleküler metotları öğretmektir.
|
|
Dersin İçeriği
|
patojenlerin tespiti, tanısı, kuantifikasyonu, genetik çeşitlilikleri, taksonomileri, evrimsel ilişkileri, coğrafik yayılış ve kökenlerinin araştırılmasında kullanılan güncel moleküler metotlar
|
|
Program Yeterlilik Çıktıları |
Katkı Düzeyi |
|
1
|
Temel bilimler ve mühendislik bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve yeni bilgiler edinebilme yöntemini öğrenmiş olmalı
|
5
|
|
2
|
Edindiği bilgilerle ileri düzeyde ormancılık problemlerine uygun deneyler veya yöntemler tasarlayabilmeli, uygulayabilmeli ve sonuçlarını analiz edip yorumlayabilmeli
|
4
|
|
3
|
Ülkenin ormancılık ve çevre sorunlarına, küresel, toplumsal ve ekosistem koşullarını da dikkate alarak çözüm üretebilmeli
|
3
|
|
4
|
Ormancılık problemlerinin çözümüne yönelik olarak ileri düzeyde disiplinler arası bir yaklaşımla çözüme gidebilmeli
|
5
|
|
5
|
Karşılaşılan ormancılık problemlerinin tespiti ve çözümü aşamasında, ileri düzeyde mesleki etik ve sorumluluk bilinci içerisinde hareket edebilmeli
|
2
|
|
6
|
Tek ya da çok disiplinli çalışma gruplarında görev yapabilmeli ve etkin iletişim sağlayabilmeli
|
5
|
|
7
|
Bilgi teknolojilerini ve bir yabancı dili ileri düzeyde etkin kullanma becerisine sahip olmalı
|
1
|
|
8
|
Çağın getirdiği güncel ormancılık ve diğer ilgili alanlarındaki problemleri ileri düzeyde tanımlayabilmeli, kurgulayabilmeli ve çözebilmeli
|
5
|
|
9
|
Ormancılık uygulamaları için gerekli teknikleri ve araçları ileri derecede kullanabilmeli
|
-
|
|
10
|
Ormancılık faaliyetlerini ileri düzeyde üç boyutlu düşünmeli, yorumlayabilmeli, analiz ve sentez yapabilmeli
|
-
|
|
11
|
Her türlü doğal kaynağı ve doğal olayları ileri düzeyde araştırıp etüt yapabilmeli ve rapor yazabilmeli
|
-
|
|
12
|
Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliğini ileri derecede kavrayabilmeli ve bilgilerinin güncelliğini sağlayacak yöntemleri kullanabilmeli
|
1
|