ÇANKIRI KARATEKİN ÜNİVERSİTESİ - Bologna Bilgi Sistemi


  • Ders Tanımı
  • Ders Adı Kodu Yarıyıl Teori+Uygulama (Saat) Havuz Statü AKTS
    Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemler OR1505 GÜZ-BAHAR 3+1 S 6
    Öğrenme Çıktıları
    1-Orman patolojisi araştırılmasında çağdaş ve güncel teknikleri kavrar ve bu alandaki gelişmeleri takip eder
    2-Orman patolojisi alanındaki güncel moleküler yaklaşımların araştırma ve uygulamada kazandırdığı avantajları kavrar, bunları uygular ve geliştirir,
    3-Bilinen orman patojenlerinin moleküler yöntemlerle tespitini ve tanısını yapar.
  • AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU
  • EtkinlikKatkı Yüzdesi

    (100)

    SayısıSüresi (Saat)Toplam İş Yükü (Saat)
    Ders Süresi (Hafta x Ders Saati)14456
    Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön çalışma, pekiştirme)14342
    Ödevler104624
    Kısa Süreli Sınavlar (sınav + hazırlık) 0000
    Ara Sınavlar (sınav + hazırlık)2011212
    Proje2013030
    Laboratuar 102714
    Yarıyıl Sonu Sınavı (sınav + hazırlık) 4011414
    Diğer 0000
    Toplam İş Yükü(Saat)   192
    Toplam İş Yükü(Saat)/ 30 (s)     6,4 ---- (6)
    Dersin AKTS Kredisi   6
  • Ders Akışı
  • Hafta Konular Ön Hazırlık
    1 Orman patojenlerinin tespit, tanı ve genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde moleküler yöntemler; gerekliliği, avantajları Hubbes, M. (1993). Impact of molecular biology on forest pathology: a literature review. European journal of forest pathology, 23(4), 201-217. Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    2 Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve primerler Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    3 Polimeraz zincir reaksiyonu modifikasyonları (Multipleks-PCR, Nested-PCR, RT-PCR, Real-Time PCR) Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    4 Orman patojenlerinin tespit, tanı ve kuantifikasyonunda kullanılan PCR teknikleri Ioos, R.; Fabre, B.; Saurat, C.; Fourrier, C.; Frey, P.; Marçais, B., 2010: Development, comparison, and validation of real-time and conventional PCR tools for the detection of the fungal pathogens causing brown spot and red band needle blights of pine. Phytopathology 100, 105-114
    5 DNA izolasyonu; Fungal kültürlerden ve doğrudan çevresel örneklerden Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    6 Toprak, odun ya da ibre gibi örneklerde patojen (lerin) tespiti ve tanısı Gonthier, P., Guglielmo, F., Sillo, F., Giordano, L., & Garbelotto, M. (2015). A molecular diagnostic assay for the detection and identification of wood decay fungi of conifers. Forest Pathology, 45(2), 89-101. Tunali, Z., & Doğmuş-Lehtijärvi, H. T. Oskay, F., Tunali, Z., & Doğmuş-Lehtijärvi, H. T. (2018). Burdur ili kızılçam (Pinus brutia Ten.) ormanlarında ibre yanıklığı ve dökümüne neden olan fungal etmenlerin moleküler yöntemlerle tespiti. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 22(2), 628-636.
    7 DNA dizi analizi teori ve uygulaması (Tür teşhisi; DNA veri tabanı taraması (BLAST kullanımı)) Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    8 Ara Sınav
    9 DNA dizi analizi ( Filogenetik tahmin ) Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    10 PCR`a dayalı DNA polimorfizim analizleri I (RFLP; RAPD; AFLP; RAMs; SSR; ISSR; SNPs; SSCP, vd.) Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    11 PCR`a dayalı DNA polimorfizim analizleri II Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    12 PCR`a dayalı DNA polimorfizim analizleri; orman patolojisi alanında kullanımları Hantula, J., Dusabenyagasani, M., & Hamelin, R. C. (1996). Random amplified microsatellites (RAMS)?a novel method for characterizing genetic variation within fungi. European Journal of Forest Pathology, 26(3), 159-166.
    13 Bitki hastalık etmenlerinin genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde moleküler yöntemler; kullanım amaçları ve orman hastalıkları araştırmalarında sağladığı avantajlar Stewart, J. E., Kim, M. S., & Klopfenstein, N. B. (2018). Molecular genetic approaches toward understanding forest-associated fungi and their interactive roles within forest ecosystems. Current forestry reports, 4(2), 72-84.
    14 Bitki hastalık etmenlerinin genetik çeşitliliğinin belirlenmesinde moleküler yöntemler; kullanılan moleküler markörler, güncel araştırmalar Genetic diversity of Dothistroma septosporum and diplodia sapinea in Turkey (Oskay et al 2020)
    15 Orman patolojisinde moleküler yöntemlerin geleceği Hamelin, R. C., & Roe, A. D. (2020). Genomic biosurveillance of forest invasive alien enemies: A story written in code. Evolutionary Applications, 13(1), 95-115. Tedersoo, L., Drenkhan, R., Anslan, S., Morales‐Rodriguez, C., & Cleary, M. (2019). High‐throughput identification and diagnostics of pathogens and pests: overview and practical recommendations. Molecular ecology resources, 19(1), 47-76.
    Ön Koşul -
    Ders Dili Türkçe
    Koordinatör Dr. Öğr. Üyesi Funda OSKAY
    Dersi Verenler -
    Ders Yardımcıları -
    Kaynaklar 1. Oskay, F., 2009. Orman Patolojisinde Moleküler Yöntemlerin Kullanımı. SDÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Orman Mühendisliği Anabilim Dalı, Doktora Semineri, Isparta, 47pp.
    Yardımcı Kitap Singh, U. S., & Singh, R. P. (2017). Molecular methods in plant pathology. CRC Press. Kantartzi, S., 2013. Microsatellites: Methods and Protocols. Humana Press. 353pp. Mount, D.W., Bioinformatics: Sequence and Genome analysis. Cold Spring Harbour Laboratory Press. 565 pp. McPherson, M.J., Møller, S.G., PCR. Second Edition. Taylor & Francis Group, 305pp.
    Dersin Amacı Bu dersin amacı, orman ağaçlarında hastalığa sebep olan patojenlerin tespiti, tanısı, kuantifikasyonu, genetik çeşitlilikleri, taksonomileri, evrimsel ilişkileri, coğrafik yayılış ve kökenlerinin araştırılmasında kullanılan güncel moleküler metotları öğretmektir.
    Dersin İçeriği patojenlerin tespiti, tanısı, kuantifikasyonu, genetik çeşitlilikleri, taksonomileri, evrimsel ilişkileri, coğrafik yayılış ve kökenlerinin araştırılmasında kullanılan güncel moleküler metotlar
  • Program Yeterlilik Çıktıları
  • Program Yeterlilik Çıktıları Katkı Düzeyi
    1 Temel bilimler ve mühendislik bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve yeni bilgiler edinebilme yöntemini öğrenmiş olmalı 5
    2 Edindiği bilgilerle ileri düzeyde ormancılık problemlerine uygun deneyler veya yöntemler tasarlayabilmeli, uygulayabilmeli ve sonuçlarını analiz edip yorumlayabilmeli 4
    3 Ülkenin ormancılık ve çevre sorunlarına, küresel, toplumsal ve ekosistem koşullarını da dikkate alarak çözüm üretebilmeli 3
    4 Ormancılık problemlerinin çözümüne yönelik olarak ileri düzeyde disiplinler arası bir yaklaşımla çözüme gidebilmeli 5
    5 Karşılaşılan ormancılık problemlerinin tespiti ve çözümü aşamasında, ileri düzeyde mesleki etik ve sorumluluk bilinci içerisinde hareket edebilmeli 2
    6 Tek ya da çok disiplinli çalışma gruplarında görev yapabilmeli ve etkin iletişim sağlayabilmeli 5
    7 Bilgi teknolojilerini ve bir yabancı dili ileri düzeyde etkin kullanma becerisine sahip olmalı 1
    8 Çağın getirdiği güncel ormancılık ve diğer ilgili alanlarındaki problemleri ileri düzeyde tanımlayabilmeli, kurgulayabilmeli ve çözebilmeli 5
    9 Ormancılık uygulamaları için gerekli teknikleri ve araçları ileri derecede kullanabilmeli -
    10 Ormancılık faaliyetlerini ileri düzeyde üç boyutlu düşünmeli, yorumlayabilmeli, analiz ve sentez yapabilmeli -
    11 Her türlü doğal kaynağı ve doğal olayları ileri düzeyde araştırıp etüt yapabilmeli ve rapor yazabilmeli -
    12 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliğini ileri derecede kavrayabilmeli ve bilgilerinin güncelliğini sağlayacak yöntemleri kullanabilmeli 1
    Çankırı Karatekin Üniversitesi  Bilgi İşlem Daire Başkanlığı  @   2017 - Webmaster